Леса на территории заповедника - одни из старейших на Северо-Западе России, они практически не тронуты человеком. Здесь обитают виды флоры и фауны, которые невозможно встретить в других краях.
Как сообщает Минприроды региона, на территории заповедника зарегистрировано 165 видов птиц, 36 видов млекопитающих и 15 видов рыб. Часть из них находится под охраной Красных книг.
Центр Костомукшского заповедника – озеро Каменное. В нем водится пресноводный лосось, а на берегах кормится лесной северный олень. От чистоты воды озера зависит жизнь не только обитателей заповедника, но и жителей Костомукши, ведь именно из него подается вода в дома горожан.